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【新品上市】和多样的RNA Pol II抗体一起探索奇妙的转录过程吧!

人阅读 发布时间:2022-09-15 15:40

细胞的增殖、发育和对环境的响应都离不开基因表达的变化。

这些变化包括信使RNA(mRNA)或非编码RNA(ncRNA)表达的定量变化,也包括差异RNA的定性变化(如选择性剪接)。

基因组表达的正确调节在生物体生命的各个阶段都是必不可少的,在涉及基因组表达控制的所有过程中,RNA聚合酶II(RNA polymerase II)是转录开始的第一步,也是最易受调控的过程之一。

RNA Pol II是由12个亚基组成的多蛋白复合物。

RNA Pol II本身不能启动转录或转录长DNA序列,而是需要许多额外的蛋白质复合物来完成这些任务(图一)。

 

图片

图一 RNA Pol II转录周期的主要调节步骤

 

在转录过程中,RNA Pol II的C端结构域(carboxy-terminaldomain,CTD)具有调控转录和RNA加工的重要功能。

RNA Pol II的CTD(C-Terminal Domain)由七肽YSPTSPS的串联重复序列组成,通过与大量酶和蛋白质/RNA结合因子的关联,在协同转录过程中发挥着核心作用。

 RNA pol II 移动速度的变化过去20年来发表的研究证明了RNA Pol II移动速度对于特定位点产生RNA的重要性。事实上,转录速度的变化会导致选择性剪接的改变和通过反向剪接产生环状RNA的改变。这些变化还影响转录终止相关过程,如poly(A)位点的使用和转录通读的程度。总之,RNA Pol II移动速度的变化改变了基因组中产生的编码和非编码RNA的整个特性。并且转录延伸速度在单个基因内以及基因之间具有高度动态性和高度调节性。

研究者们利用多种多样的技术手段测定RNA Pol II的移动速度。

最初的研究仅估计了少数基因的RNA Pol II平均移动速度。

在表达激活后通过原位杂交(in situ Hybridization)、核连缀分析(nuclear run-on)、狭线印迹(slot blot)或RT-PCR监测RNA的出现,间接计算出RNA Pol II的移动速度在1.1kb/min和4.8kb/min之间。

后续研究通过分析[3H]尿苷掺入后的RNA沉积或转录抑制后基因中多个位置的ChIP PCR,估计了RNA Pol II的平均移动速度在2到6 kb/min之间。

如今,通过影像学技术,能够更加直接的测定RNA pol II的移动速度与过程,不同的环境、基因位点、以及物种都具有不同的转录速度。

研究还表明,RNA Pol II移动速度的变化有可能间接参与了疾病进展。

最近的研究结果指出了环状RNA在癌症进展中的致病作用,而在癌症进展过程中RNA pol II的移动速度影响着各种环状RNA,这说明癌症细胞可能利用了这种机制。

因此,研究RNA Pol II移动速度对于细胞发育的程序性、癌症诱导的修饰改变以及受影响RNA的复杂性显然为生理学和生理病理学领域的研究开辟了新的途径。

 

CTD结构域的磷酸化经过短暂的转录起始过程后,RNA Pol II进入一种被称为启动子近端(promoter-proximal)暂停的状态,NELFs(Negative elongation factor)和DSIF(DRB sensitivity-inducing factor)与之结合并保证转录复合体的稳定。而重新启动延长的开关之一就是磷酸化,P-TEFb(Positive elongation factor b)磷酸化NELF促使RNA Pol II释放出来,DSIF也会被转化成活性延长因子。P-TEFb同时也能磷酸化CTD区域的Ser2,促进招募RNA转录相关因子。Kevin M. Harlen等人将磷酸化特异性 CTD Pol II 纯化并与定量质谱法相结合,以鉴定每个磷酸化 CTD 残基的相互作用组。研究者们观察到磷酸化CTD 相互作用组之间重叠率很小,说明每个磷酸化CTD都有独特作用。相互作用组揭示了在整个转录延伸过程中与 Pol II 相互作用的因子,其中,Ser5P 互作组富含 U1 剪接体成分,此研究证明 Ser5P 直接有助于剪接体的共转录募集。Thr4P 相互作用组完全缺乏富集的剪接体亚基,Thr4 是转录后完成剪接所必需的,这表明 CTD 修饰通过单独的残基影响共转录和转录后剪接。总之,这些数据全面定义了与 Pol II 相关的蛋白质因子,并揭示了 CTD 修饰在剪接和终止调控中的作用。RNA pol II作为我们最早了解的参与RNA转录过程的复合物,进行着精妙的调控过程,控制着生命最基本的环节。Active Motif作为全球最前沿的表观遗传工具研发及供应商,不断更新着RNA pol II相关的抗体,现提供9种不同靶标、多种规格的RNA pol II抗体: RNA pol II抗体靶标   
RNA pol II
RNA pol II CTD phospho Tyr1
RNA pol II CTD phospho Ser2
RNA pol II CTD Ser2ph/Ser5ph
RNA pol II CTD phospho Thr4
RNA pol II CTD phospho Ser5
RNA pol II CTD monomethyl Lys7
RNA pol II CTD phospho Ser7
RNA pol II CTD Cit810
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  参考文献:[1] Muniz L, Nicolas E, Trouche D. RNA polymerase II speed: a key player in controlling and adapting transcriptome composition[J]. The EMBO journal, 2021, 40(15):e105740.[2] Laitem, Clélia, Zaborowska J, Isa N F, et al. CDK9 inhibitors define elongation checkpoints at both ends of RNA polymerase II–transcribed genes[J]. Nature Structural & Molecular Biology, 2015.

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