Active Motif ATAC-Seq应用案例一览！文末有福利！

ATAC-Seq是一种快速检测方法，可通过识别具有开放或可及状态的染色质区域来分析整个基因组的表观遗传概况。
ATAC-Seq实验仅需要约50,000个细胞作为起始样本，且实验步骤相对较为简单，是开始表观遗传研究的一种非常高效的方法。
下面我们来看看Active Motif的ATAC-Seq试剂盒/技术服务的具体应用案例吧！  

01 

Functional annotation of regulatory elements in cattle genome reveals the roles of extracellular interaction and dynamic change of chromatin states in rumen development during weaning

 此文分析了牛基因组上的调节元件，并探讨了断奶期间瘤胃发育中染色质状态的动态变化。
通过对瘤胃上皮组织中四种组蛋白修饰、CTCF结合位点、DNA可及性、DNA甲基化和转录组的全基因组分析，确定了牛体内的调节元件（15种染色质状态）及其协同活性。
每个染色质状态都表现出特异的序列本体论（Sequence Ontology）、甲基化、性状相关变异体、转录、基因表达相关变异体、选择标志和进化保守元件的特定富集。
在断奶期间，弱的增强子和活性转录起始位点（TSS）两侧区域的染色质状态，与显著的基因表达和DNA甲基化差异同时发生，而且与体型、产量和繁殖经济性状显著相关。
通过与体外培养的上皮细胞和体内瘤胃组织的比较，本文展示了这些结果的共同性和独特性，尤其是细胞相互作用和线粒体活性在组织发育中的作用。

原文地址：

https://doi.org/10.1016/j.ygeno.2022.110296

 

 02 

Characterization of Accessible Chromatin Regions in Cattle Rumen Epithelial Tissue during Weaning

 

反刍动物断奶的特点是从以牛奶为基础的饮食过渡到固体饮食，这会导致关键的胃肠道转化。
了解断奶期间这种转变的调控机制有助于改善瘤胃健康的策略。
本研究旨在确定断奶前和断奶后犊牛瘤胃上皮组织中的可及染色质区域，并利用ATAC-seq方法研究差异可及区域（DAR），以揭示牛瘤胃发育中的调节因素。
共鉴定出126071个峰，覆盖了牛基因组的1.15%。
在这些可到达的区域，发现了2766个DAR。利用GO分析丰富导致了与细胞粘附、锚定连接、生长、细胞迁移、运动和形态发生相关的GO集合。
此外，还发现了经典的调控途径（TGFβ、整合素连接激酶、整合素信号传导和上皮-间质转化的调控）。
结合共表达结果的途径分析表明，TGFβ和ILK信号通路通过调节细胞粘附在瘤胃发育中发挥重要作用。
在这项研究中，对断奶期间的DAR进行了鉴定，揭示了增强子、转录因子和候选靶基因，它们代表了牛瘤胃发育的潜在生物标记物，将作为瘤胃发育研究的分子工具。

原文地址：

https://doi.org/10.3390/genes13030535

 

 03 

The metabolic stress-activated checkpoint LKB1-MARK3 axis acts as a tumor suppressor in high-grade serous ovarian carcinoma

高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）是最具侵袭性的妇科恶性肿瘤，导致约70%的卵巢癌死亡。
然而，目前尚不清楚遗传失调和相关生物进程是如何产生HGSOC的恶性亚型的。
本研究发现，MARK3在HGSOC中的表达水平下调，其下调与HGSOC患者的不良预后显著相关。
MARK3过表达抑制卵巢癌细胞的增殖和血管生成。
代谢应激激活LKB1-MARK3级联，导致CDC25B和CDC25C磷酸化，然后诱导G2/M期阻滞。
RNA-seq和ATAC-seq分析表明，MARK3部分通过下调AP-1和Hippo信号靶基因来减弱细胞周期进程和血管生成。
使用代谢应激诱导剂的综合致死疗法可能是治疗LKB1-MARK3级联失调引起的HGSOC的一种有希望的治疗选择。

原文地址：

https://www.nature.com/articles/s42003-021-02992-4

 

 

更多使用Active Motif ATAC-Seq试剂盒发表的文献：

文章题目	杂志
The complement system drives local inflammatory tissue priming by metabolic reprogramming of synovial fibroblasts	Immunity
Genomic Characterization of Cisplatin Response Uncovers Priming of Cisplatin-Induced Genes in a Resistant Cell Line	International Journal of Molecular Sciences
Aurora kinase A inhibition reverses the Warburg effect and elicits unique metabolic vulnerabilities in glioblastoma	Nature Communications
Acsbg1-dependent mitochondrial fitness is a metabolic checkpoint for tissue T reg cell homeostasis	Cell Reports

 

无论您是要分析样品中染色质的状态，还是比较特殊处理前后的染色质状态，ATAC-Seq都可以让您研究全基因组染色质的变化，并可以提供相关指导：如应该进行哪些表观遗传修饰或转录因子的研究，以及在后续实验中采用哪种方法。

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